En enero de 1958 la Comunidad Franciscana, Provincia de la Santa Fe, fundó la casa religiosa en Manizales; en los primeros años los religiosos se dedicaron a prestar los servicios sacerdotales y docentes en los diferentes colegios franciscanos de la ciudad.  

Posteriormente, se dedicaron de lleno a la educación; comenzaron creando en el barrio Chipre una escuela de Enseñanza Primaria, a la que dieron el nombre de "San Francisco". Luego, la comunidad se trasladó al barrio Morrogacho y fundó el Colegio Agustín Gemelli, el cual inició labores el 11 de febrero de 1963; el nombre es un homenaje al ilustre franciscano italiano, el Padre Agustín Gemelli, que en los días de fundación moría en Roma. Inicialmente se brindó educación solamente a personal masculino y en febrero de 1973 tomó la modalidad de colegio mixto.El lugar donde está ubicado, permite el encuentro constante de los estudiantes con la naturaleza, goza de un extenso campo, amplias zonas verdes y un sendero ecológico, con lo cual hacemos homenaje directo a San Francisco de Asís, patrono de la ecología.Como institución católica se ha buscado siempre la formación de jóvenes cristianos, comprometidos con la sociedad, con la ciudad y el país, testimonios elocuentes de la PAZ y el BIEN franciscanos.